傳統(tǒng)熒光顯微鏡的分辨率限制阻礙了病毒蛋白的可視化崖蜜，因?yàn)槿魏螁蝹€(gè)熒光信號(hào)的尺寸通常大于大多數(shù)病毒粒子。超分辨率顯微鏡有可能在接近電子顯微鏡的分辨率下揭示蛋白質(zhì)的分布身音，而不依賴(lài)于EM中所需的生物標(biāo)本的現(xiàn)有特征的形態(tài)特征乃蔬。
人類(lèi)免疫缺陷病毒1型 (HIV-1) 近似球形蛋昙，平均直徑為125 ± 14 nm 。它的主要結(jié)構(gòu)成分是含有包膜糖蛋白的脂質(zhì)雙層节值，位于病毒脂質(zhì)膜下方的基質(zhì)殼和具有錐形幾何形狀的衣殼核心隙券。HIV-1蛋白的熒光標(biāo)記為它們?cè)诟腥炯?xì)胞中的亞細(xì)胞定位提供了有價(jià)值的見(jiàn)解牙肝。然而唉俗，由于病毒顆粒小于常規(guī)熒光顯微鏡的分辨率極限，因此難以檢測(cè)細(xì)胞進(jìn)入和復(fù)制的分子機(jī)制配椭。 電子顯微鏡技術(shù)提供了結(jié)構(gòu)對(duì)HIV-1的見(jiàn)解,但在技術(shù)上仍然要求很高虫溜，并且容易引入人工制品。該技術(shù)在感染過(guò)程中具有可視化病毒蛋白分子組織的巨大潛力股缸，尤其是在用熒光蛋白標(biāo)記會(huì)損害病毒感染性的情況下衡楞。以前的研究已經(jīng)使用超分辨率技術(shù)來(lái)可視化人工轉(zhuǎn)染到細(xì)胞系中的病毒蛋白簇。在這項(xiàng)研究中敦姻，作者使用dSTORM提供了真正感染淋巴樣細(xì)胞之前和之后感染性HIV-1顆粒中基質(zhì)和衣殼蛋白的分子分布之一瘾境。
作者使用dSTORM可視化無(wú)細(xì)胞HIV-1病毒體和感染的淋巴樣細(xì)胞中的基質(zhì)和衣殼蛋白。首先產(chǎn)生了包含綠色熒光蛋白-病毒蛋白R(shí)融合蛋白 (hivgfp-vpr) 的HIV-1顆粒镰惦，這使作者能夠用常規(guī)熒光顯微鏡觀察顆粒迷守。然后將相同的病毒體制劑均勻地涂在玻璃蓋玻片上或用于感染淋巴細(xì)胞。重要的是娩伴，在允許病毒進(jìn)入靶細(xì)胞20分鐘后脯纽，通過(guò)鏈蛋白酶處理從靶細(xì)胞表面去除非內(nèi)化的病毒顆粒。這通過(guò)將靶細(xì)胞與包膜缺陷型HIV-1孵育得到證實(shí)靠牙，所述包膜缺陷型細(xì)胞不能進(jìn)入靶細(xì)胞尽架，因此被鏈霉蛋白酶切割，因此在這些樣品中不能檢測(cè)到病毒蛋白 (圖1)。
圖1 鏈蛋白酶處理從細(xì)胞表面去除非內(nèi)化的病毒顆粒
MT-2細(xì)胞在17 °C下用 (a糜罢，c) HIVGFP-Vpror (b熏虱，d) HIVΔenvGFP-Vpr感染2小時(shí)，以使病毒體與細(xì)胞結(jié)合汛刻。之后射贡，將細(xì)胞洗滌以除去未結(jié)合的病毒顆粒，并在37 °C下孵育20分鐘瘾色，以使病毒進(jìn)入細(xì)胞演苍。然后將樣品分開(kāi)，將一半的細(xì)胞與PBS (a-b) 孵育梗爸，而另一半用鏈蛋白酶 (c-d) 處理以去除非內(nèi)在化的病毒顆粒氧吐。隨后，通過(guò)寬視場(chǎng)顯微鏡末盔，然后進(jìn)行反卷積筑舅，對(duì)所有樣品進(jìn)行固定，反染色陨舱，安裝和可視化翠拣。GFP以綠色顯示，核以藍(lán)色顯示游盲。所提供的圖像是從以0.3 μ m步長(zhǎng)拍攝的28個(gè)圖像的z堆疊的體積壓縮得出的误墓。
因此，與淋巴細(xì)胞相關(guān)的所有基質(zhì)和衣殼蛋白簇均被內(nèi)化益缎。通過(guò)細(xì)胞因子離心將感染的細(xì)胞固定并鋪在玻璃蓋玻片上谜慌。兩個(gè)樣本都是用識(shí)別基質(zhì)或caspid蛋白的抗體免疫染色。作者首先將傳統(tǒng)圖像與超分辨率圖像進(jìn)行了比較莺奔。在TIRF圖像中欣范，感染的t淋巴細(xì)胞中的HIV-1蛋白表現(xiàn)為明亮的點(diǎn)狀結(jié)構(gòu) (圖2a)。在dSTORM中令哟，熒光團(tuán)的隨機(jī)激活可以分析單個(gè)蛋白質(zhì)的點(diǎn)擴(kuò)散功能 (PSF)恼琼。
dSTORM揭示了同一蛋白的分布比TIRF圖像中更大的異質(zhì)性 (圖2b)。通過(guò)dSTORM中蛋白質(zhì)簇的兩個(gè)圖像的疊加來(lái)說(shuō)明使用dSTORM實(shí)現(xiàn)的分辨率的提高瓜收。
圖2 進(jìn)入淋巴細(xì)胞之前和之后感染HIV-1的單個(gè)分子的超分辨率成像
(a-c) 常規(guī)全內(nèi)反射熒光 (TIRF) 圖像 (a) 选曼、相應(yīng)的dSTORM圖像 (b) 和HIV-1基質(zhì)蛋白在同步進(jìn)入淋巴細(xì)胞系MT-2 20分鐘后的TIRF (白色) 和dSTORM (紅色) 圖像 (c) 的疊加。(d) dSTORM定位的分子坐標(biāo)的定位精度值的直方圖串题，對(duì)應(yīng)于a-c中所示的數(shù)據(jù)集失傍。定位精度對(duì)應(yīng)于擬合到單個(gè)分子的點(diǎn)擴(kuò)展函數(shù)的高斯分布的一個(gè)西格瑪，并且還受光子和噪聲水平的影響宽舱。虛線(xiàn)表示平均值民沈。(e-h) 基于Ripley K函數(shù)對(duì)無(wú)細(xì)胞病毒體中的基質(zhì)蛋白進(jìn)行聚類(lèi)分析还凸，將分子坐標(biāo) (e) 的點(diǎn)分布轉(zhuǎn)換為聚類(lèi)圖，該聚類(lèi)圖具有高度到較少的聚類(lèi)區(qū)域浸速，顏色為紅色到藍(lán)色 (f)童盏。從閾值圖像 (g) 中提取聚類(lèi)統(tǒng)計(jì)信息，例如數(shù)量就灸，大小和相關(guān)分子呛疫。通過(guò)將gfp-vpr (綠色) 的TIRF圖像與二元簇圖疊加，定量了細(xì)胞進(jìn)入后病毒蛋白與逆轉(zhuǎn)錄復(fù)合物的關(guān)聯(lián) (h)泡嘴。比例尺甫恩，a-b中板為5μm; c中板為1μm，e-h中板為2μm酌予。(i) 定量分析無(wú)細(xì)胞病毒粒子中衣殼蛋白分子簇的直徑磺箕，并在感染入MT-2細(xì)胞后20分鐘。誤差條表示來(lái)自?xún)蓚€(gè)實(shí)驗(yàn)的代表的每個(gè)樣本26-173個(gè)簇的平均值的標(biāo)準(zhǔn)偏差抛虫。
這種單分子成像方法使作者能夠在感染過(guò)程中跟蹤基質(zhì)殼和衣殼核心的重組松靡，這可能反映了促進(jìn)HIV-1逆轉(zhuǎn)錄過(guò)程的結(jié)構(gòu)重排，例如病毒體的未包被建椰。
作者能夠通過(guò)dSTORM量化HIV-1基質(zhì)殼和衣殼核心的大小雕欺，這些結(jié)果與EM所見(jiàn)的已知HIV組織一致。此外棉姐，該方法提供了新的信息屠列，表明當(dāng)細(xì)胞進(jìn)入時(shí)，與無(wú)細(xì)胞HIV-1病毒體相比谅海，病毒體基質(zhì)殼和衣殼核心的大小顯著增加脸哀，這表明HIV顆粒在進(jìn)入靶細(xì)胞后立即經(jīng)歷了顯著的重排蹦浦。
總之扭吁，這項(xiàng)研究驗(yàn)證了使用dSTORM評(píng)估傳染性病毒生命周期中病毒蛋白的分子分布，并為在早期階段研究病毒蛋白的分布和重新分布開(kāi)辟了新的可能性病毒感染跃恍。
